MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR584

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015701	ACC	2	6	373	378	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204607
2	NC_015701	AGAA	2	8	392	399	75 %	0 %	25 %	0 %	338204607
3	NC_015701	CTA	2	6	437	442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204607
4	NC_015701	AAC	2	6	443	448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204607
5	NC_015701	TGA	2	6	492	497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204607
6	NC_015701	A	6	6	532	537	100 %	0 %	0 %	0 %	338204607
7	NC_015701	ATC	2	6	611	616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204607
8	NC_015701	GAG	2	6	623	628	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338204607
9	NC_015701	TTG	2	6	698	703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204607
10	NC_015701	AAC	2	6	721	726	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204608
11	NC_015701	AAT	2	6	783	788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204608
12	NC_015701	ACTAT	2	10	808	817	40 %	40 %	0 %	20 %	338204608
13	NC_015701	GGCAA	2	10	828	837	40 %	0 %	40 %	20 %	338204608
14	NC_015701	GAAAT	2	10	874	883	60 %	20 %	20 %	0 %	338204608
15	NC_015701	ATG	3	9	889	897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204608
16	NC_015701	AGA	2	6	907	912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204608
17	NC_015701	AC	3	6	949	954	50 %	0 %	0 %	50 %	338204608
18	NC_015701	AC	3	6	1171	1176	50 %	0 %	0 %	50 %	338204608
19	NC_015701	TGA	2	6	1201	1206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204608
20	NC_015701	ATTGA	2	10	1862	1871	40 %	40 %	20 %	0 %	338204609
21	NC_015701	GTT	2	6	1904	1909	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
22	NC_015701	TTAG	2	8	1921	1928	25 %	50 %	25 %	0 %	338204609
23	NC_015701	TG	3	6	1949	1954	0 %	50 %	50 %	0 %	338204609
24	NC_015701	AGTT	2	8	2027	2034	25 %	50 %	25 %	0 %	338204609
25	NC_015701	CTT	2	6	2049	2054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204609
26	NC_015701	AGTT	2	8	2121	2128	25 %	50 %	25 %	0 %	338204609
27	NC_015701	AGT	2	6	2138	2143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204609
28	NC_015701	TTC	2	6	2175	2180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204609
29	NC_015701	TAA	2	6	2220	2225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204609
30	NC_015701	CTTT	2	8	2234	2241	0 %	75 %	0 %	25 %	338204609
31	NC_015701	GTT	2	6	2246	2251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
32	NC_015701	ATC	2	6	2448	2453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
33	NC_015701	GTG	2	6	2469	2474	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338204609
34	NC_015701	TAGA	2	8	2508	2515	50 %	25 %	25 %	0 %	338204609
35	NC_015701	CCT	2	6	2542	2547	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338204609
36	NC_015701	TCA	2	6	2638	2643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
37	NC_015701	AT	3	6	2644	2649	50 %	50 %	0 %	0 %	338204609
38	NC_015701	ATC	2	6	2665	2670	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
39	NC_015701	CTA	2	6	2747	2752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
40	NC_015701	CGT	2	6	2765	2770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204609
41	NC_015701	TAT	2	6	2801	2806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204609
42	NC_015701	TTG	2	6	2853	2858	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
43	NC_015701	CCA	2	6	2870	2875	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204609
44	NC_015701	CCA	2	6	2902	2907	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204609
45	NC_015701	CTG	2	6	3038	3043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204609
46	NC_015701	TACCTT	2	12	3125	3136	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	338204609
47	NC_015701	TAC	2	6	3149	3154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204609
48	NC_015701	TTG	2	6	3207	3212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204609
49	NC_015701	TGGA	2	8	3859	3866	25 %	25 %	50 %	0 %	338204610
50	NC_015701	TTCTTT	2	12	3879	3890	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	338204610
51	NC_015701	CAT	2	6	3929	3934	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204610
52	NC_015701	ATC	2	6	3939	3944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204610
53	NC_015701	CAA	2	6	3948	3953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204610
54	NC_015701	T	8	8	4013	4020	0 %	100 %	0 %	0 %	338204610
55	NC_015701	AAAG	2	8	4052	4059	75 %	0 %	25 %	0 %	338204610
56	NC_015701	TCT	2	6	4069	4074	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204610
57	NC_015701	T	6	6	4106	4111	0 %	100 %	0 %	0 %	338204610
58	NC_015701	T	7	7	4143	4149	0 %	100 %	0 %	0 %	338204610
59	NC_015701	T	6	6	4170	4175	0 %	100 %	0 %	0 %	338204610
60	NC_015701	AGT	2	6	4796	4801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204611
61	NC_015701	A	6	6	4805	4810	100 %	0 %	0 %	0 %	338204611
62	NC_015701	ATCC	2	8	4821	4828	25 %	25 %	0 %	50 %	338204611
63	NC_015701	GAAA	2	8	4872	4879	75 %	0 %	25 %	0 %	338204611
64	NC_015701	A	7	7	4913	4919	100 %	0 %	0 %	0 %	338204611
65	NC_015701	GGAAA	2	10	4921	4930	60 %	0 %	40 %	0 %	338204611
66	NC_015701	CAA	2	6	4937	4942	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204611
67	NC_015701	A	6	6	4954	4959	100 %	0 %	0 %	0 %	338204611
68	NC_015701	TCTA	2	8	5061	5068	25 %	50 %	0 %	25 %	338204611
69	NC_015701	CTTA	2	8	5085	5092	25 %	50 %	0 %	25 %	338204611
70	NC_015701	CAT	2	6	5107	5112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
71	NC_015701	TAC	2	6	5343	5348	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
72	NC_015701	ATT	2	6	5374	5379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204611
73	NC_015701	TCA	2	6	5389	5394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
74	NC_015701	A	6	6	5421	5426	100 %	0 %	0 %	0 %	338204611
75	NC_015701	GAC	2	6	5428	5433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204611
76	NC_015701	A	7	7	5525	5531	100 %	0 %	0 %	0 %	338204611
77	NC_015701	ACT	2	6	5556	5561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204611
78	NC_015701	CAAA	2	8	5626	5633	75 %	0 %	0 %	25 %	338204611
79	NC_015701	AACAA	2	10	5641	5650	80 %	0 %	0 %	20 %	338204611
80	NC_015701	ACT	2	6	6910	6915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
81	NC_015701	TAC	2	6	7004	7009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
82	NC_015701	GAA	2	6	7010	7015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204612
83	NC_015701	GCA	2	6	7026	7031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204612
84	NC_015701	A	6	6	7052	7057	100 %	0 %	0 %	0 %	338204612
85	NC_015701	ATG	2	6	7060	7065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204612
86	NC_015701	GAA	2	6	7078	7083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204612
87	NC_015701	TCT	2	6	7125	7130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204612
88	NC_015701	AGA	2	6	7140	7145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204612
89	NC_015701	GAAAT	2	10	7171	7180	60 %	20 %	20 %	0 %	338204612
90	NC_015701	A	6	6	7196	7201	100 %	0 %	0 %	0 %	338204612
91	NC_015701	AAC	2	6	7277	7282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204612
92	NC_015701	TCA	2	6	7310	7315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
93	NC_015701	ACC	2	6	7326	7331	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338204612
94	NC_015701	AT	3	6	7360	7365	50 %	50 %	0 %	0 %	338204612
95	NC_015701	CTA	2	6	7367	7372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204612
96	NC_015701	T	6	6	7429	7434	0 %	100 %	0 %	0 %	338204612
97	NC_015701	AAT	2	6	7456	7461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204612
98	NC_015701	ATT	2	6	7483	7488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204612
99	NC_015701	AAT	2	6	7513	7518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204612
100	NC_015701	CGA	2	6	7566	7571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204612
101	NC_015701	ATT	2	6	7588	7593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204612
102	NC_015701	ACGAT	2	10	7614	7623	40 %	20 %	20 %	20 %	338204612
103	NC_015701	CATG	2	8	7662	7669	25 %	25 %	25 %	25 %	338204612
104	NC_015701	AC	3	6	7670	7675	50 %	0 %	0 %	50 %	338204612
105	NC_015701	ATT	2	6	7711	7716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204612
106	NC_015701	AAG	2	6	7781	7786	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338204613
107	NC_015701	GCA	2	6	7886	7891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338204613
108	NC_015701	A	7	7	7893	7899	100 %	0 %	0 %	0 %	338204613
109	NC_015701	TTA	2	6	7950	7955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204613
110	NC_015701	TAAT	2	8	8044	8051	50 %	50 %	0 %	0 %	338204613
111	NC_015701	ATG	2	6	8062	8067	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204613
112	NC_015701	A	8	8	8104	8111	100 %	0 %	0 %	0 %	338204613
113	NC_015701	T	6	6	8210	8215	0 %	100 %	0 %	0 %	338204614
114	NC_015701	AGT	2	6	8258	8263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204614
115	NC_015701	TTG	2	6	8306	8311	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204614
116	NC_015701	TC	3	6	8317	8322	0 %	50 %	0 %	50 %	338204614
117	NC_015701	AATC	2	8	8347	8354	50 %	25 %	0 %	25 %	338204614
118	NC_015701	T	6	6	8376	8381	0 %	100 %	0 %	0 %	338204614
119	NC_015701	CAT	2	6	8399	8404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204614
120	NC_015701	ATA	2	6	8441	8446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204614
121	NC_015701	TCG	2	6	8481	8486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204614
122	NC_015701	TCG	2	6	8517	8522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338204614
123	NC_015701	CACG	2	8	8539	8546	25 %	0 %	25 %	50 %	338204614
124	NC_015701	AC	3	6	8636	8641	50 %	0 %	0 %	50 %	338204614
125	NC_015701	CAT	2	6	8668	8673	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338204614
126	NC_015701	GTTT	2	8	8685	8692	0 %	75 %	25 %	0 %	338204614
127	NC_015701	ATT	2	6	8738	8743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204614
128	NC_015701	ATG	2	6	8925	8930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
129	NC_015701	TTC	2	6	8968	8973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338204615
130	NC_015701	TA	3	6	8991	8996	50 %	50 %	0 %	0 %	338204615
131	NC_015701	TTA	2	6	9028	9033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
132	NC_015701	TTG	2	6	9072	9077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204615
133	NC_015701	CAA	2	6	9080	9085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204615
134	NC_015701	TTA	2	6	9088	9093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338204615
135	NC_015701	ACA	2	6	9123	9128	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338204615
136	NC_015701	TGA	2	6	9224	9229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
137	NC_015701	TGT	2	6	9254	9259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204615
138	NC_015701	GAT	2	6	9309	9314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
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140	NC_015701	TGA	2	6	9335	9340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
141	NC_015701	T	6	6	9344	9349	0 %	100 %	0 %	0 %	338204615
142	NC_015701	TGA	2	6	9455	9460	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
143	NC_015701	AAT	2	6	9486	9491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204615
144	NC_015701	ATTT	2	8	9543	9550	25 %	75 %	0 %	0 %	338204615
145	NC_015701	GAT	2	6	9693	9698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338204615
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261	NC_015701	TAA	2	6	15795	15800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338204620
262	NC_015701	GTT	2	6	15802	15807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338204620
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.